Fatih Sultan Mehmet tarafından 1462-1470 tarihleri arasında Mimar Atik Sinan’a yaptırılan Fatih Külliyesi; cami, medreseler, darüşşifa, tabhane, imaret, kervansaray, sübyan mektebi, kitaplık, hamam, Saraçlar Çarşısı, Deve Hanı ve türbelerden oluşmaktadır.
Daha önce Bizans dönemine ait 12 Havari Kilisesi’nin bulunduğu yere inşa edilen caminin kubbesi, 1765 yılındaki büyük depremde çökmüş, cami Sultan 3.Mustafa tarafından 1767-1771 yılları arasında Mimar Tahir Ağa’ya yeniden yaptırılmıştır. Külliyenin merkezini oluşturan cami, ortada 4 büyük ayağa dayanan büyük bir kubbe, yanlara doğru da 4 yarım kubbeyle örtülüdür. Kare şeklindeki mekanın köşelerinde 4 küçük kubbe bulunmaktadır. Minareler 19. yüzyılda 2 şerefeli olarak yenilenmiştir.
Cümle kapısının iki tarafında ve üstünde yer alan 16 satırlık Arapça kitabe, devrin meşhur hattatı Ali bin Sofi’nin nefis eseridir. İç mekan barok kalem işleriyle süslüdür. Caminin ihyası sırasında mermerden yapılan minberin sedef kakmalarla bezenmiş kürsüsü ahşaptır.
Caminin güneyindeki avluda Fatih Sultan Mehmet ve eşi Gülbahar Sultan’a ait türbeler yer almaktadır.
