Yayımlanan Karara göre; üniversitede Lisansüstü Eğitim Enstitüsü açılırken, mevcut olan Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri kapatıldı.
Konya Ticaret Odası Eğitim ve Sağlık Vakfı tarafından 2009 yılında kurulan KTO Karatay Üniversitesi, kapatılan 3 enstitünün yanı sıra 6 fakülte ve 6 yüksekokul ile eğitim veriyor. Üniversite bünyesindeki Sürekli Eğitim Merkezi (KARSEM) de kurumların ve bireylerin eğitimsel ihtiyaçlarını karşılayacak faaliyetler yürütüyor.
